Molecule World

Molecule World는 안드로이드 스마트폰이나 태블릿에서 사용할 수 있는 인터랙티브 3D 분자 시각화 앱입니다. 파일에서 분자 구조를 열거나 ID로 불러온 다음, 다양한 표시 스타일, 색상 구성표, 선택 필터를 사용하여 회전, 확대/축소, 탐색해 보세요. 교육, 학습, 또는 단순히 생명 분자에 대한 탐구 등 어떤 목적이든 Molecule World는 유용하게 활용할 수 있습니다.

구조 불러오기
- PDB, mmCIF, BinaryCIF(BCIF), MMDB JSON, SDF/MOL 파일(gzip 압축 지원) 열기
- 4자리 PDB ID로 모든 구조를 가져올 수 있으며, 생물학적 어셈블리로 다운로드되므로 대형 복합체도 빠르게 열립니다.
- 모든 구조는 라이브러리에 저장되며, 앱에 다시 접속하면 마지막으로 열었던 구조가 자동으로 열립니다.

표시 스타일
- 볼 앤 스틱, 스페이스필, 튜브(리코리스)
- 둥근 나선과 베타 시트 화살표가 있는 리본/카툰
- 분자 표면, 그리고 구조를 보여주면서 아래 구조를 드러내는 와이어 표면
- 리간드, 이온, 보조인자는 모든 스타일에서 명확하게 표시됩니다. 유기물은 원소 색상의 막대로, 금속은 원소 색상의 구형으로 표시됩니다.

색상 체계
원소별 색상(CPK), 2차 구조, 사슬, 무지개(N-C 말단, 5'-3'), 잔기 유형, 잔기 전하, 소수성, B-인자 또는 도메인. 전환은 즉시 이루어집니다.

중요한 부분에 집중
'표시' 기능을 사용하여 전체 구조를 표시하거나, 결정학적 물 분자를 추가하거나, 단백질, 핵산, 이종 분자 또는 골격(핵심, 전체 또는 C-알파 트레이스)을 분리하여 표시할 수 있습니다. 구조에 적용되지 않는 옵션은 자동으로 비활성화됩니다.

스마트 색상 키
실시간 범례는 화면에 표시된 내용에 따라 각 색상의 의미를 정확하게 보여줍니다. 이종 분자는 금속과 비금속으로 구분되고, 당류는 표준 SNFG 색상을 사용하며, 단일 원자 이온은 원소별로 표시됩니다.

도메인
NCBI에서 가져온 명명된 항체 도메인(VH, CH1, CH2, CH3 및 경쇄 도메인)을 사용하여 구조 도메인별로 색상을 지정합니다. 반복되는 사슬은 깔끔하고 고유한 색상으로 표시됩니다.

최신 구조에 최적화
2차 구조 정보가 포함되지 않은 디자인 파이프라인 모델(RFdiffusion, RFantibody 및 예측 구조)도 시트와 헬릭스를 정확하게 표시합니다. 파일에 2차 구조 정보가 없는 경우, 백본으로부터 2차 구조를 계산합니다.

내 생각 공유하기
투명 배경으로 구조에 맞춰 고해상도 스냅샷을 캡처하여 갤러리에 바로 저장할 수 있습니다.

대상
- 단백질, DNA, RNA 및 소분자를 탐구하는 생물학, 생화학, 화학 분야의 학생 및 교육자
- 이동 중에도 구조를 검토하는 구조 생물학자 및 결정학자
- 알파 폴드와 같은 분자에서 도메인, 디자인 파이프라인 모델 및 예측 모델을 검사하는 항체 및 단백질 엔지니어
- 생명 분자의 3D 형태에 대해 궁금한 모든 사람

Molecule World는 Digital World Biology에서 개발했습니다. macOS 및 iOS 앱과 동일한 아름다운 렌더링과 과학적 정보를 Android에서도 제공합니다.