Molecule World

Molecule Worldは、Androidスマートフォンやタブレットでインタラクティブな3D分子可視化を実現します。ファイルから構造を開いたり、IDで構造を取得したりして、回転、ズーム、そして多彩な表示スタイル、配色、選択フィルターを使って探索できます。教育、学習、あるいは単に生命の分子を探求するなど、あらゆる用途で活用できます。

構造の読み込み
- PDB、mmCIF、BinaryCIF (BCIF)、MMDB JSON、SDF/MOLファイル（gzip圧縮対応）を開く
- 4文字のPDB IDで任意の構造を取得。生物学的アセンブリとしてダウンロードされるため、大きな複合体でも素早く開くことができます。
- すべての構造はライブラリに保存され、アプリに戻ると最後に開いた構造が再び表示されます。

表示スタイル
- ボール＆スティック、スペースフィル、チューブ（リコリス）
- 丸みを帯びたらせんとβシートの矢印を用いたリボン/カートゥーン表示
- 分子表面表示に加え、形状を表示しながらその下にある構造を明らかにするワイヤーサーフェス表示
- リガンド、イオン、補因子は、どの表示スタイルでも常に明確に表示されます。有機物は元素の色で棒状、金属は元素の色で球状に表示されます。

配色
元素による色分け（CPK）、二次構造、鎖状、レインボー（N末端からC末端、5'から3'）残基タイプ、残基、電荷、疎水性、B因子、またはドメイン。表示スキームの切り替えは瞬時に行えます。

重要な情報に焦点を当てる
「表示」機能を使用すると、構造全体を表示したり、結晶水を追加したり、タンパク質、核酸、ヘテロ分子、または主鎖（コア、完全、またはCαトレース）を分離したりできます。構造に適用されないオプションは自動的にグレー表示されます。

スマートカラーキー
ライブ凡例は、画面に表示されているものに合わせて色の意味を正確に示します。ヘテロ分子は金属と非金属に分類され、糖類は標準的なSNFGカラーを使用し、単原子イオンは元素ごとにラベル付けされます。

ドメイン
構造ドメインごとに色分け。抗体ドメイン（VH、CH1、CH2、CH3、および軽鎖ドメイン）はNCBIから取得されます。繰り返し鎖は、明確で固有の色セットに集約されます。


現代の構造に合わせて設計
二次構造レコードが付属していない設計パイプラインモデル（RF拡散、RF抗体、予測構造）でも、適切なシートとヘリックスが表示されます。二次構造は、ファイルに情報がない場合、主鎖から計算されます。

ビューを共有
透明な背景で高解像度のスナップショットをキャプチャし、構造に合わせてトリミングしてギャラリーに直接保存できます。

対象ユーザー
- タンパク質、DNA、RNA、および低分子を研究する生物学、生化学、化学の学生および教育者
- 外出先で構造を確認する構造生物学者および結晶学者
- Alpha Foldなどのモデルからドメイン、設計パイプラインモデル、予測モデルを検証する抗体およびタンパク質エンジニア
- 生命分子の3D形状に興味のあるすべての人

Molecule WorldはDigital World Biologyによって開発されました。macOSおよびiOSアプリのコンパニオンアプリとして、Androidでも同じ美しいレンダリングと科学体験を提供します。