Molecule World

Molecule World vous offre une visualisation moléculaire 3D interactive sur votre téléphone ou tablette Android. Ouvrez une structure à partir d'un fichier ou importez-en une par son identifiant, puis faites-la pivoter, zoomez et explorez-la grâce à une variété de styles d'affichage, de schémas de couleurs et de filtres de sélection – que vous soyez en train d'enseigner, d'étudier ou simplement d'explorer les molécules du vivant.

CHARGEMENT DE STRUCTURES

- Ouverture des fichiers PDB, mmCIF, BinaryCIF (BCIF), MMDB JSON et SDF/MOL (compression gzip prise en charge)

- Récupération de toute structure par son identifiant PDB à quatre caractères, téléchargée sous forme d'assemblage biologique pour une ouverture rapide même des grands complexes

- Toutes les structures sont regroupées dans une bibliothèque ; l'application rouvre votre dernière structure utilisée lors de votre prochaine session

STYLES D'AFFICHAGE

- Représentation en bâtonnets, en sphères et en tubes

- Représentation en ruban/dessin animé avec hélices arrondies et flèches pour les feuillets bêta

- Surface moléculaire et surface filaire montrant la forme tout en révélant les structures sous-jacentes

- Les ligands, ions et cofacteurs sont toujours clairement lisibles : les composés organiques sont représentés par des bâtonnets de la couleur de l'élément, les métaux par des sphères de la même couleur, quel que soit le style

CHEMINS DE COULEUR

Couleur par élément (CPK), structure secondaire, chaîne, arc-en-ciel (extrémité N-terminale à extrémité C-terminale, 5' à 3'), type de résidu, résidu, charge Hydrophobicité, facteur B ou domaine. Le changement de mode est instantané.

CONCENTREZ-VOUS SUR L'ESSENTIEL
Utilisez l'option « Afficher » pour visualiser la structure complète, ajouter de l'eau cristallographique ou isoler les protéines, les acides nucléiques, les hétérogènes ou le squelette (noyau, structure complète ou trace C-alpha). Les options non pertinentes sont automatiquement grisées.

LÉGENDE INTELLIGENTE
Une légende dynamique explique la signification des couleurs, en fonction de ce qui est affiché à l'écran. Les hétérogènes sont classés en métaux et non-métaux, les sucres utilisent les couleurs SNFG standard et les ions monoatomiques sont identifiés par leur élément.

DOMAINES
Coloration par domaine structural, avec des domaines d'anticorps nommés (VH, CH1, CH2, CH3 et domaines de chaîne légère) extraits de NCBI. Les chaînes répétées sont regroupées en un ensemble de couleurs unique et homogène.

CONÇU POUR LES STRUCTURES MODERNES

Les modèles de conception (RFdiffusion, RFantibody et structures prédites) fournis sans données de structure secondaire affichent correctement les feuillets et les hélices. La structure secondaire est calculée à partir du squelette moléculaire lorsqu'un fichier ne la contient pas.

PARTAGEZ VOTRE VUE
Capturez une image haute résolution avec un fond transparent, recadrée au plus près de la structure, et enregistrez-la directement dans votre galerie.

À QUI S'ADRESSE CE JOURNAL ?

- Étudiants et enseignants en biologie, biochimie et chimie étudiant les protéines, l'ADN, l'ARN et les petites molécules

- Biologistes structuraux et cristallographes consultant des structures en déplacement

- Ingénieurs en anticorps et protéines examinant les domaines, les modèles de conception et les modèles prédits par des logiciels comme Alpha Fold

- Toute personne curieuse des formes 3D des molécules du vivant

Molecule World est développé par Digital World Biology. Complémentaire aux applications macOS et iOS, il offre la même qualité d'affichage et les mêmes fonctionnalités scientifiques sur Android.